Kerajaan ini memiliki dua pelabuhan utama yaitu di Kalapa dan Banten.
Pelabuhan Sunda Kelapa digempur oleh tentara Demak pada 1526 di bawah komando Fatahillah (Sunan Gunung Jati).
Setelah berhasil direbut nama wilayahnya ini lalu diganti menjadi Jayakarta pada 22 Juni 1527.
Kota ini memiliki luas tak lebih dari 15 hektar dengan pola tata kota tradisional kala itu.
Kota Jayakarta lalu hancur karena diserang oleh VOC di bawah pimpinan Jan Pieters Zoon Coen.
Pada 1620, dibangunlah kota baru bernama Batavia dari reruntuhan kota Jayakarta yang hancur sebelumnya.
Nama Batavia diberikan sebagai bentuk penghormatan pada kaum Batavieren atau suku bangsa nenek moyang orang Belanda.
Baca Juga: Sejarah Trem di Indonesia: Transportasi Utama Pada Zaman Kolonial di Kota
Sedangkan nama penduduk Batavia pribumi dikenal dengan Batavianen atau orang Betawi.
Kota ini dibangun di sebelah Kali Ciliwung dengan pusat kota yang terlihat di sekitar Taman Fatahillah.
Tak hanya itu, kota ini dibangun dengan pertahanan yang solid berupa tembok dan parit yang mengelilingi kotanya.
Pada 1635, kota dibangun dan diperluas ke bagian barat Kali Ciliwung.