Berkembang dan makin dipercaya
Thomas Muller terus berkembang di musim-musim selanjutnya. Bahkan setelah manajer yang membuat namanya bersinar, Van Gaal dipecat karena mendapatkan hasil-hasil yang kurang memuaskan dalam musim 2010-11.
Jupp Heynckes pun menjadi manajer berikutnya dan Muller pun tetap tampil memesona, walalupun Heynckes lebih sering memanggil Muller dari bangku cadangan.
Musim 2012-13 adalah musim dimana Bayern berhasil menang UEFA Champions League melawan rival mereka, Borussia Dortmund.
Baca Juga: Profil Kevin De Bruyne, Pemain Manchester City Jagoan Assist
Muller tampil sebagai pemain kunci bagi Bayern di final tersebut, dan Bayern juga memenangkan Bundesliga dan juga DFB-Pokal, dan mengunci gelar Treble mereka.
Heynckes pun digantikan dengan manajer bergengsi pada musim 2013-14, Pep Guardiola.
Pep hadir untuk melatih Bayern dan bersama Pep Guardiola, Muller menampilkan performa-performa terbaiknya bersama Bayern.
Pep Guardiola menjuarai Bundesliga selama 3 tahunnya melatih Munchen, tetapi mereka hanya mencapai babak semifinal UCL di setiap musim Pep melatih Bayern.
Musim 2015-16 adalah musim Muller paling produktif dengan total 20 gol dari 31 pertandingan di Liga. Pep pun pergi untuk melatih Manchester City di musim berikutnya.