Region fauna ini dikenal dengan wilayah Fauna Dangkalan Sunda yang terdiri dari:
- mamalia (gajah, badak bercula satu, banteng, tapir, rusa, kerbau, monyet, orangutan, macan, kijang, landak, babi hutan, kancil, dan kukang).
- reptil (buaya, kura-kura, kadal, ular, biawak, bunglon, tokek)
- burung (burung hantu, burung merak, kutilang, elang, jalak, dan beragam unggas lainnya)
- serangga (belalang, capung, jangkrik), dan
- berbagai macam ikan tawar dan pesut (lumba-lumba Sungai Mahakam)
2. Wilayah Fauna Indonesia Tengah
Wilayah fauna Indonesia Tengah disebut juga dengan fauna Kepulauan Wallacea.
Wilayah ini meliputi pulau Sulawesi dan kepulauan di sekitarnya, seperti Nusa Tenggara, pulau Timor, dan Kepulauan Maluku.
Di kawasan ini terdapat hewan khas yang hanya bisa dijumpai di Indonesia, seperti anoa, babi rusa, hingga biawak komodo. Beberapa faunanya seperti:
- mamalia (anoa, babi rusa, kuskus, monyet hitam, kuda, sapi, tarsius, monyet seba)