5. Masa pemerintahan Megawati Soekarnoputri
Pemakzulan Gus Dur pada 23 Juli 2001, membuat posisi presiden diisi oleh Megawati Soekarnoputri yang ketika itu menjadi wakil presidennya.
Lalu posisi wakil presidennya diisi oleh Hamzah Haz.
Semasa pemerintahannya, presiden Megawati membentuk kabinet gotong royong.
Baca Juga: Profil Ir. Soekarno, Presiden Pertama yang Berperan Penting dalam Kemerdekaan Indonesia
6. Masa pemerintahan Susilo Bambang Yudhoyono (SBY)
Susilo Bambang Yudhoyono adalah presiden pertama dalam sejarah Indonesia yang dipilih secara langsung melalui pemilihan umum.
Wakil presiden yang menjabat pada dua masa periode pemerintahan SBY adalah Jusuf Kalla dan Boediono.
Pada masa pemerintahan SBY dibentuk Kabinet Indonesia Bersatu I-II.